U kobiet choroba doprowadza do zapalenia szyjki macicy i/lub cewki moczowej. Uważa się, że nawet 40% zapaleń szyjki macicy jest wywołane przez Chlamydia trachomatis. Należy podkreślić, iż u ponad 50% zakażonych pacjentek choroba nie daje żadnych niepokojących objawów. Na rozpoznanie chlamydiozy może naprowadzić stwierdzone przez ginekologa śluzowo-ropna wydzielina w ujściu zewnętrznym szyjki oraz przerosła forma ektopii nabłonka. W przypadku objawowego przebiegu choroby symptomy są podobne do występujących w przypadku innych chorób przenoszonych drogą płciową (miernie nasilone upławy, krwawienia w trakcie i pomiędzy miesiączkami, świąd i szczypanie w cewce moczowej). Nieleczona chlamydioza u kobiet doprowadza do zapalenia błony śluzowej macicy, zapalenia przydatków, zapalenia tkanki okołowątrobowej oraz zapalenia gruczołów Skenego i Bartholina, zespołu Reitera. Te groźne powikłania doprowadzają do rozwoju bezpłodności.
U mężczyzn zakażenie przebiega pod postacią nierzeżączkowego zapalenia cewki moczowej. Uważa się, że Chlamydie są odpowiedzialne nawet za 80% tych zakażeń. Po okresie wylęgania wynoszącym od tygodnia do trzech tygodni pojawia się śluzowy, wodnisty, śluzowo ropny bądź ropny wyciek z cewki moczowej oraz objawy świadczące o zapaleniu błony śluzowej cewki moczowej. Należą do nich pieczenie lub szczypanie w cewce moczowej, dyskomfort bądź ból podczas oddawania moczu, uczucie szczypania, mrowienia lub pieczenia u ujściu zewnętrznym cewki. W wielu przypadkach choroba nie daje żadnych oznak. Nieleczona chlamydioza u mężczyzn doprowadza między innymi do zapalenia najądrzy, zapalenia gruczołu krokowego i zespołu Reitera, wówczas istnieje ryzyko rozwoju bezpłodności.
Rzadziej u dorosłych zakażenie obejmuje gardło, odbyt czy spojówki. Ponadto u noworodków choroba może prowadzić do zapalenia płuc i ucha środkowego. W niektórych przypadkach zmiany na sromie oraz żołędzi i napletku (wykwity obrączkowate) mogą wskazywać na chlamydiozę.
Diagnostyka laboratoryjna chlamydiozy obejmuje wiele metod, między innymi hodowlę komórek, metodę immunoenzymatyczną oraz metodę bezpośredniej fluorescencji. Ze względu na niską czułość i swoistość powyższe metody zostały szybko wyparte poprzez najnowszą generację testów opartych na wykrywaniu materiału genetycznego bakterii za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Przewaga PCR jest jednoznaczna- czułość i swoistość testu wynosi ponad 99%, a metoda pozwala na wykrycie bardzo małej liczby bakterii. U kobiet materiał potrzebny do badania uzyskuje się podczas pobrania wymazu z szyjki macicy i/lub cewki moczowej, u mężczyzn wymaz pobiera się z cewki moczowej. Inną możliwością jest wykonanie badania z pierwszych 15-20 ml porannego moczu. W przypadku chlamydiozy gardła, odbytu czy spojówek materiał również pobiera się za pomocą wymazu z odpowiednich miejsc.